کاوازاکی برای تولید این موتور یک موتور 4 سیلندر خطی با حجم دقیق 998CC به‌کار برده است. این موتور (پیشرانه) به سیستم جرقه‌زن دیجیتالی مجهز شده و انژکتورهای 50 میلی‌متری تزریق دوگانه روی آن سوار شده‌اند، این یعنی کارایی موتور به بیشترین حد خود یعنی 300 اسب بخار می‌رسد.

علاوه بر این به کار بردن یک گیربکس 6 سرعته با عملکردی شبیه به گیربکس‌های موتوجی‌پی، در موتور Ninja H2R استفاده شده است. این ویژگی تغییر سریع دور را در موتور آسان‌تر می‌کند. سیستم کلاچ نیز در این موتور هیدرولیک است که باعث می‌شود قدرت تولیدی در خطوط انتقال نینجا h2r به بیشترین حد ممکن برسد.